Organisatsiooni eesmärkide saavutamiseks teeb ENÜ koostööd mitmete Eesti ja välismaal asuvate nii erialaste kui ka teiste valdkondade organisatsioonidega. 

Eesti Arstide Liit on arstide vabatahtlik mittetulunduslik kutseühing, mis asutati 1921. aastal. EAL koondab enda alla 14 piirkondlikku ühendust, sealhulgas ka Eesti Nooremarstide Ühenduse. Eesti Arstide Liidu peamised tegevusvaldkonnad on arstiabi kvaliteedi edendamine, arstide töö- ja palgatingimuste parandamine, arstide täiendkoolitus, meditsiinieetika ning koostöö arendamine arstlike organisatsioonidega Eestis ja välismaal. Erinevalt teistest piirkondlikest liitudest leiab ENÜ liikmeid kõikjalt üle Eesti ja ka laiast maailmast. 

Sotsiaalministeerium on Eesti sotsiaal-, tervise- ja tööpoliitika eestvedajaks. Eesti Nooremarstide Ühendus teeb koostööd sotsiaalministeeriumiga osaledes kohtumistel, kus arutatakse tervishoiuteenuste loetelu muudatuste üle, planeeritakse tervishoiutöötajate koolitusmahtusid jpm. Lisaks on sotsiaalministeerium ENÜ otsene koostööpartner osakoormusega residentuuri rakendamisel. Sotsiaalministeeriumi kaudu toimub ka residentuuri rahastamine – sealhulgas makstakse riigieelarvest residentidele palka. Sellest lähtuvalt kutsub Sotsiaalministeerium kokku residentuuriõppe-teemalisi koosolekuid, kuhu on alati oodatud ka ENÜ esindaja.

Eesti Perearstide Selts (EPS) on Eesti suurim erialaorganisatsioon, mille liikmeks on perearstid. EPSi liikmed on olnud ENÜ mõtte- ja võitluskaaslasteks juba aastaid ning meie liikmeskond kattub olulisel määral. Oleme esinenud EPSi korraldatud konverentsidel ja perearstide seltsi liikmed on alati teretulnud ENÜ seminaridel.

Tartu Ülikooli meditsiiniteaduste valdkond on arstide põhi- ja residentuuriõppe eest vastutav valdkond, kellega koostöös lahendab ENÜ residentuuriga seotud kitsaskohti. ENÜ esindaja tõstatab residentide muresid ja rõõmusid valdkonna nõukogus, nõukogu komisjonides ja ka kliinilise meditsiini ning peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituudis.

Eesti Arstiteadusüliõpilaste Selts on meie noorem õde ja vend, just sealsed aktiivsemad liikmed leiavad sageli tee ENÜs meditsiinihariduse teemadel edasi toimetamiseks.

Oma suurematest tegemistest teavitame ka Eesti haiglaid, sh on meie arvamusartikleid avaldatud nii Tartu Ülikooli kliinikumi, Ida-Tallinna keskhaigla kui ka Põhja-Eesti Regionaalhaigla väljaannetes. 

Eesti Haiglate Liidu poole pöördume juhul, kui tekib küsimusi seoses residentide töökorraldusega. Küsimused on olnud seotud näiteks töö- ja puhkeaja seaduse või tervishoiusektoris tööandjate ja töövõtjate vahel sõlmitud kollektiivlepinguga.

Poliitikauuringute Keskus Praxis on kodanikualgatuslik, sõltumatu ja avalikes huvides tegutsev mõttekoda, mille tegevusteks on ühiskondliku arutelu rikastamine, väärtusliku teabe kogumine ja sünteesimine ning mõjusate lahenduste pakkumine poliitikakujundajatele, vabakonnale ja teistele ärksatele inimestele. ENÜl on koostöös Praxisega hetkel käsil suurprojekt, mille raames hinnatakse residentuuriõppe vastavust World Federation of Medical Education kriteeriumitele. 

Connected Health klaster on Eesti erinevate tervisega seotud ettevõtete ja muude huvigruppide kogukond, kelle ühiseks eesmärgiks on rakendada tehnoloogiat veelgi paremate tervisega seotud toodete ja teenuste pakkumiseks. 2017. aastast liitus ENÜ klastriga ja ENÜ liikmed on igati oodatud klastri ettevõtmistele. 2017. a. sügisseminaril käis esinemas ka klastri esindaja Külle Tärnov.

Lextal Advokaadibürooga toimus 2016. sügisel koostööseminar “Juriidikast arstidele”. Lextal on ENÜ nõustanud ka meie alusdokumentide ajakohastamisel.

Meediapartnerid: Meditsiiniuudised ja Med24.

European Junior Doctors‘ (EJD) liige on ENÜ alates 1993. aastast. Sellest ajast alates oleme osalenud EJD üldkoosolekutel kaks korda aastas. 2008. ja 2018. aastal toimus EJD üldkoosolek Eestis., Tallinnas. 2018a sügisel on taaskord kätte jõudnud Eesti kord ja EJD üldkoosolek toimub 26.-27. oktoobril 2018, Tartus.

Mirtel Design OÜ loob meditsiinivaldkonnas kasutusel olevaid tööriideid. ENÜ alustas firmaga koostööd 2017. aastal firmaga koostöös ja sellest hetkest alates on Mirtel Design OÜ kaudu võimalik tellida ENÜ logoga meditsiinirõivaid. Vaata täpsemalt siit.